La storia continua da dove la prima stagione si era interrotta solo pochi mesi dopo. Yuokai Gakuen è stato riparato e il nuovo semestre è in corso. Tsukune e la banda sono tornati, e più potenti che mai. La vera identità di Anti-Thesis è sollevata. Con nuovi avversari all'orizzonte e qualcosa di molto più sinistro di quanto la banda abbia mai affrontato prima.
Tsukune sta combattendo con il mostro dentro di lui. Con l'aiuto di Moka, Mizore, Kurumu, Ruby e Yukari. Tsukune si allena per tenere sotto controllo il suo sangue di vampiro e la forza per proteggere ciò che gli sta a cuore.
La nuova stagione si concentra maggiormente sulle ragazze, sul loro passato e sulle loro famiglie. Nuovi scontri li attendono. Nuovi amici e alleati si uniranno a loro al loro fianco. Insieme scopriranno i segreti del rosario di Moka e della sua stirpe ...
