In AG 101 (il 101 ° anno del calendario Advanced Generation) un'entità misteriosa conosciuta solo come "UE", o "nemico sconosciuto", attacca e distrugge la colonia spaziale Angel. Questo brutale attacco diventa famoso come "Il giorno in cui cadde l'angelo" e segna l'inizio della guerra dell'umanità per la sopravvivenza. La serie inizia in AG 108 quando l'UE attacca la colonia spaziale Ovan, dove Flit Asuno ora vive dopo essere fuggito dalla colonia Angel prima della sua distruzione. La madre di Flit, poco prima di essere uccisa dall'UE, dà a suo figlio un oggetto chiamato "AGE Device". Al suo interno scopre i progetti per un'arma potente del passato: l'antico messia chiamato "Gundam".
Da questi progetti, Flit trascorre i prossimi anni a studiare ingegneria presso una base della Federazione Terrestre sulla colonia spaziale di Nora e progettare il Gundam AGE-1. Sette anni dopo, in AG 115, Flit completa il Gundam AGE-1 Normal, proprio come l'UE attacca Nora, e lo usa per aiutare l'equipaggio della corazzata della Federazione "Diva" nell'evacuazione dei cittadini della colonia prima che venga distrutta. Determinato a portare la battaglia nell'UE per aver distrutto la sua casa due volte, Flit accetta di servire nella squadra di mobile suit di Diva che pilota il Gundam. Dopo aver ottenuto dati e potenza militare sufficienti per stabilire una linea d'azione, l'equipaggio di Diva ei loro alleati lanciano un attacco riuscito che ha distrutto la fortezza segreta dell'UE nell'asteroide Ambat. Lì apprendono che l'UE sono in realtà i discendenti di una missione umana presumibilmente fallita inviata per colonizzare Marte, lasciata per morta dalla Federazione Terrestre, che ha formato la propria nazione sul pianeta rosso chiamato Veigan.
