Sommario
Mei no Naisho ruota attorno alla vita del personaggio del titolo Mei Haruna, un giovane ragazzo effeminato che è stato cresciuto da sua madre strega come una ragazza e ha sempre pensato a se stesso come una donna. Sua madre era l'unica famiglia che aveva, quindi dopo la sua morte, si trasferisce in un liceo femminile e viene a risiedere nel dormitorio della scuola con il suo familiare gatto parlante Abel e il suo compagno di stanza Fuuka Honjou, che è anche un membro di il comitato per la morale pubblica. Poco dopo essere arrivati a scuola, i suoi nuovi amici scoprono dopo un'esibizione magica nel bagno della comunità del dormitorio che è in realtà un maschio, anche se questo è uno shock per lui nonostante sia consapevole delle differenze fisiche tra lui e le ragazze normali. Nonostante sia stato scoperto, e dopo qualche utile intervento del pervertito presidente del consiglio studentesco, il preside della scuola decide che può restare a scuola. Il giorno successivo, Mei viene a scuola con Fuuka e si scusa per aver nascosto il fatto che era una strega, e informa gli altri di come apparentemente è maschio. Gli altri studenti lo accettano rapidamente come uno di loro e sono colpiti da come possa usare la magia.