Nel 2065, la Terra è al centro di una guerra con alieni addizionali chiamati Nova. Le forze armate sviluppano e addestrano Pandoras, figlie che possono utilizzare speciali tessuti genetici chiamati Stimmate (Seikon) per mostrare sistemi e abilità di armi da combattimento sovrumane. A sostenere i Pandoras ci sono partner maschi chiamati Limiters, che usano particolari poteri di "congelamento" per limitare la libertà della loro concorrenza.
Uno di questi limitatori è Kazuya Aoi, la cui sorella defunta era una Pandora. Kazuya incontra una forte Pandora, Satellizer el Bridget, soprannominata la Regina Intoccabile, per il suo stile insensibile e la sua estrema afefobia mentre frequentava l'Accademia di genetica occidentale in Giappone. Nonostante gli avvertimenti dei suoi compagni di scuola di stare alla larga da Satellizer, è diventata amica di Kazuya e chiede di essere il suo limitatore. Satellizer acconsente ad associarsi con lui, anche se presto si imbatte in una competizione in una relazione amorosa chiamata Rana Linchen, che crede che Kazuya sia la sua anima gemella dopo averla supportata in diversi combattimenti contro gli avversari del college di cambiare posizione e corsi. Quando i Novas attaccano il loro college utilizzando Pandoras sotto il loro controllo per ottenere l'accesso al laboratorio sotterraneo dell'istituzione, la loro concorrenza viene messa da parte.
Satellizer e Kazuya si uniscono ad alcuni alunni di West Genetics in un laboratorio in Alaska, dove potrebbero essere per assistere insieme al compito Evolution Pandora (E Pandora), consentendo alle donne normali di ottenere trapianti di stimmate per diventare Pandoras. Quando una delle E Pandoras diventa furiosa, le altre si chiedono se i farmaci nella sperimentazione non siano pericolosi, ma siano fatti per obbedire ai desideri dell'organizzazione aziendale oltre che del manager. Dopo aver scoperto che fino a quando non sono stati sacrificabili, devono essere utilizzati, l'E-Pandora Amelia Evans dirige una rivolta che si intensifica in una completa su Nova Clash.
Kazuya scopre di più sui legami della sua famiglia con la Nova e con la Pandora. Il nonno di Kazuya, Gengo Aoi, ha trovato lo stesso lavoro, il che mette Rana e Satellizer in una squadra unica con donne chiamate Valchirie. Tuttavia, durante l'attività dimostrativa con Nova progettata su misura che è fittizia, le delusioni vengono vissute dai Pandoras, così come le Novas fittizie diventano una legione di 100 Nova che decimano la Genetica. Gengo lo contrasta scatenando i leggendari Pandoras che sono le zie di Kazuya. Il tentativo di Chevalier di assassinare Gengo impiegando diversi detenuti chiamati Busters, quando alcuni dei leggendari Pandora si trasformano in letali Novas, ma l'incarico va a rotoli.
