Last Order inizia quando la nanotecnologia di Desty Nova resuscita Alita nella città galleggiante di Tiphares. I neri segreti della città sono brutalmente svelati, ma sembra essere una piccola porzione di un mondo complicato. Andando nello spazio con compagnie vecchie e nuove per saperne di più sul suo passato dimenticato e allo stesso modo, per cercare il suo amico perduto Lou Collins, Alita è coinvolta in una battaglia interplanetaria tra le principali potenze del sistema solare che è stato colonizzato. Lungo la strada, stringe un'alleanza con tre delle repliche di Alita che ora hanno iniziato a credere per se stesse, un sgradevole superhacker, e lo stesso Nova quando partecipa allo Zenith of Things Tournament (ZOTT), una competizione di combattimento che si tiene ogni 10 anni. Compreso il modo in cui la Terra è apparsa da un inverno di impatto catastrofico che ha spazzato via la maggior parte del pubblico per tutta la durata della narrazione, viene mostrata più storia sull'ambientazione dell'Angelo della Battaglia Alita che non era stata rivelata nella stringa precedente.
