Basato sul gioco di Age, seguito di MuvLuv Unlimited, si svolge in un universo alternativo in cui la Terra è invasa da alieni. Da Wikipedia: In Alternative, Takeru si sveglia tre anni dopo la fine di Unlimited e si ritrova nella sua stanza. Anche se inizialmente pensa che tutto quello che gli è successo fosse un sogno, presto sente che qualcosa non va, e lascia la casa per scoprire di essere stato rimandato indietro nel tempo all'inizio degli eventi in Unlimited. Non volendo accettare qualcosa come Alternativa V, decide di aiutare il professor Kouduki a completare Alternativa IV e salvare l'umanità.
