La storia è ambientata in un mondo in cui i poteri soprannaturali esistono attraverso la scienza e la magia esiste attraverso la religione. Nella storia, Touma Kamijou è un normale liceale con terribili voti accademici e un potere chiamato Imagine Breaker. Imagine Breaker può sconfiggere qualsiasi altro potere, ma mina anche la fortuna di Kamijou. L'immensa forza della sua Imagine Breaker è letteralmente incommensurabile, quindi lo sfortunato Kamijou è elencato al livello soprannaturale di 0. Gli capita di incontrare una ragazza vestita di bianco che pende dal balcone della sua finestra. La ragazza dice di essere inseguita dagli stregoni e Kamijou scopre che la ragazza è una suora della Chiesa d'Inghilterra i cui ricordi sono stati sostituiti con la forza da Index-Librorum-Prohibitorum, i 103,000 testi proibiti della Chiesa.
