Sommario
12.000 anni dopo gli eventi di Sousei no Aquarion, l'umanità è minacciata da un nuovo nemico da un'altra dimensione chiamato "Abductors", che proprio come gli Shadow Angels, invadono le città umane per rapirne gli abitanti. Per difendere l'umanità da questa invasione, l'organizzazione Neo-DEAVA istituisce due squadre, una composta da soli maschi e l'altra da sole femmine, ognuna pilotando le proprie macchine giganti chiamate “Aquaria”. Per proteggere il suo nuovo amico Mikono, l'adolescente Amata Sora ha deciso di usare i poteri che ha tenuto segreti per tutta la sua vita e unendo i Vettori con piloti maschi e femmine in un unico robot, il leggendario gigante Aquarion rinasce ancora una volta.