Basato su un popolare gioco di otome, Hakuouki segue Chizuru e Shinsengumi in una realtà alternativa. Chizuru si reca a Kyoto in cerca del padre scomparso, ma dopo essere stata coinvolta in un incidente, finì per essere presa dallo Shinsengumi dove incontrò i membri tra cui il famoso Hijikata Toshizo e Okita Soshi. Il padre di Chizuru stava conducendo ricerche governative per rafforzare lo Shinsengumi e sviluppò l'ochimizu. L'ochimizu è una formula che dà al demone effetti di forza e rigenerazione ma una volta presa, l'utente sperimenta un dolore estremo e alla fine si trasforma in un mostro affamato di sangue.
Nel tentativo di difendere Chizuru, Hijikata prende l'ochimizu e sebbene la situazione sia stata salvata, ora è colpito dalla malattia. Okita è anche costretto a prendere la formula quando la sua tubercolosi gli impedisce di difendere Chizuru e se stesso. Sentendosi responsabile delle loro azioni, Chizuru deve combattere il suo senso di impotenza e trovare il coraggio di sostenere lo Shinsengumi.
