Uno Zoanoid di tipo test fugge dalla Kronos Corporation con tre unità Guyver. I soldati di Kronos tentano di recuperare le unità dal tipo di prova, ma vengono ostacolati quando il tipo di prova fa esplodere una bomba che ha nascosto nella sua borsa. Le unità Guyver sono disperse nell'esplosione. Due giovani studenti delle superiori, Sh? Fukamachi e Tetsur? Segawa, incappi in un'Unità Guyver perduta conosciuta come "Unità I". Il secondo viene recuperato da Kronos e si fonde con Oswald A. Lisker per diventare il secondo Guyver in seguito. L'ultima unità cade nelle mani di Agito Makishima, che si fonde con essa in un momento imprecisato. Sh? attiva accidentalmente l'unità che poi si fonde dolorosamente con lui.
Nel tempo, Sh? impara di più sul Guyver e le sue abilità. Il Guyver è praticamente invulnerabile con il suo unico punto debole è il Control Metal. Con questa parte intatta, può ricostruire l'host dai dati memorizzati all'interno. Se questa parte è danneggiata, tuttavia, l'host viene mangiato vivo dall'unità e perisce. Questo è sconcertante e Sh? inizia a chiedersi se sarà mai libero dal Guyver. La situazione peggiora gradualmente con la comparsa di Zoanoidi sempre più potenti. Questo rende sempre più difficile proteggere i suoi amici, che non sono immortali.
