Giorni trasversali

Yuuki Ashikaga è una matricola del liceo presso l'Accademia Sakakino. Mentre lavora come studente bibliotecario, si innamora di Kotonoha Katsura, una ragazza che frequenta la biblioteca. Sfortunatamente, Kotonoha sta già uscendo con Makoto Itou, un altro compagno di scuola.
La situazione si complica ulteriormente quando Chie, la sorella maggiore di Yuuki, lo presenta a Roka Kitsuregawa, il suo kouhai nel club di basket. Roka si interessa a Yuuki, che ha occhi solo per Kotonoha. Per farlo ingelosire, Roka mente e afferma di avere già un fidanzato, il suo ex compagno di classe Makoto Itou. Sfortunatamente per tutti loro, la menzogna di Roka dà il via a una catena di eventi che nessuno avrebbe potuto prevedere...
Nota: Cross Days è ambientato nel mezzo della trama originale di School Days e fornisce una visione alternativa di come sarebbero potute andare le cose.